科研分析、作图与论文
一站完成

01 格式整理 AI AI 识别学校模板，一键对齐全文格式 上线

上传论文与学校格式要求，AI 自动比对并修正字体、字号、行距、首行缩进与页边距，仅改格式不动正文语义。进入工具 →

02 语言润色 AI 清理、校对、润色、翻译与结构转换 上线

统一使用 DeepSeek Flash 最新版，明确展示单价与实际模型；涵盖校对、润色、精简、翻译、摘要与结构转换。进入工具 →

03 期刊格式转换 AI 按目标期刊要求一键转换稿件格式 上线

上传 Word 稿件，选择目标期刊，按对应模板整理正文和引用格式。进入工具 →

04 文献矩阵 AI 批量读文献，自动抽成可比对的对照表 上线

上传一批 PDF，AI 逐篇提取研究对象、方法、样本量、主要结论等字段，并为每条结论标注原文证据句，输出一张可直接筛选排序的文献对照表。进入工具 →

04 表达热图 交互式表达矩阵，支持层次聚类 上线

上传表达矩阵即可生成可交互热图，支持聚类、配色切换与一键导出出版级图表。进入工具 →

05 火山图 差异表达基因可视化 上线

输入差异分析结果，自动标注显著上下调基因，阈值与配色可调。进入工具 →

06 韦恩图 基因集交集分析 上线

比较多组基因集的交集与差集，自动统计并可导出交集名单。进入工具 →

07 进化树 多物种进化关系，含 bootstrap 上线

上传 Newick 树文件构建进化树，显示自展值、分支着色与圆形布局。进入工具 →

08 综合结构图 进化树 + 基序 + 基因结构三合一 上线

以进化树为骨架，叠加 MEME 保守基序与 GFF 基因结构，一图呈现多重信息。进入工具 →

09 染色体定位图 基因在染色体上的物理位置 上线

按染色体与起止坐标定位基因，可叠加基因密度热带。进入工具 →

10 保守基序图 MEME 保守基序分布可视化 上线

读取 MEME XML 或基序位置表，展示各基因保守基序的排布。进入工具 →

11 种内共线性图 同物种基因组共线性 上线

读取 MCScanX 共线性结果，圆形展示同物种基因组复制关系。进入工具 →

12 种间共线性图 跨物种基因组共线性 上线

两到三物种染色体并排，连线展示跨物种共线区块。进入工具 →

13 顺式作用元件图 启动子顺式元件分布 上线

可视化 PlantCARE 结果，展示各基因启动子上的顺式作用元件。进入工具 →

14 蛋白理化性质表 分子量 / 等电点等批量计算 上线

上传蛋白 FASTA，批量计算分子量、等电点、不稳定系数等并导出表格。进入工具 →

15 富集气泡图 GO / KEGG 富集气泡图 上线

富集结果气泡图，气泡大小表示基因数、颜色表示显著性。进入工具 →

16 饼图 类别占比构成可视化 上线

类别占比饼图 / 环形图，标签、配色与图例均可调整。进入工具 →

17 折线图 趋势变化曲线 上线

X-Y 折线图，支持分组多条线、线宽与坐标轴自定义。进入工具 →

18 点图 散点分布 上线

标签-数值散点图，可分组并单独改色或隐藏某点。进入工具 →

19 柱形图 分组数值对比 上线

分组 / 堆叠柱形图，柱宽、透明度、颜色与数值标签可调。进入工具 →

20 面积图 堆叠面积趋势 上线

X-Y 面积图，支持多组堆叠，拖动整体与图例后导出。进入工具 →

21 箱线图 分组分布与离群值 上线

分组箱线图，可叠加样本点、二级分组与自定义样式。进入工具 →

22 小提琴图 密度分布 + 箱线 上线

同时展示密度形状、箱线与样本点的分组分布。进入工具 →

23 雷达图 多指标对比 上线

多指标雷达轮廓，每行一条，可单独改色或隐藏。进入工具 →

24qPCR 比较图 基因分组表达比较上线

基因、分组与相对表达量；或 mean、sd、n 汇总表。显著性只使用提供的 pvalue/padj。进入工具 →

25相关性热图 表达量或性状相关性上线

首列为基因/观测 ID，其余列为样本或性状数值；可计算 Pearson/Spearman 或导入相关矩阵。进入工具 →

26PCA / PCoA 图 样本降维与分组上线

PCA：基因×样本矩阵或已有 PC1/PC2 坐标；PCoA：完整对称距离矩阵。可附样本分组表。进入工具 →

27GSEA 富集曲线图 排序基因集富集趋势上线

完整排序表 gene、score、hit（0/1）。展示真实运行分数，不推算 NES 或 FDR。进入工具 →

28富集网络图 富集条目与基因关系上线

term、gene 关系表；也支持富集结果中的 geneID 列，基因用 / 或 ; 分隔。进入工具 →

29桑基图 / 冲积图 多层分类流向上线

source、target、value；权重非负，关系必须无环。可连接多个分类层级。进入工具 →

30Pfam 结构域架构图 蛋白结构域排列上线

protein、domain、start、end；建议提供 length 记录真实蛋白全长。进入工具 →

31泛基因组存在／缺失图 基因存在与缺失上线

基因×材料的 0/1 矩阵；缺失值不等于缺失基因，必须明确填写 0 或 1。进入工具 →

32Circos 环形图 染色体定位与连接上线

gene、chrom、start、end 定位表；可另传 gene1、gene2 连接表。length 列可指定染色体全长。进入工具 →

33PPI / 共表达网络图 互作与共表达关系上线

source、target、weight 边表；可另传 node、group 分组表。支持 STRING 和共表达结果列名。进入工具 →

34Ks 分布图 同义替换率分布上线

Ks 数值列和可选 group 分组列；展示分布，峰值不自动解释为 WGD 事件。进入工具 →

35 基因家族成员鉴定 HMM/BLAST 筛选与结构域验证 上线

选择物种和家族，或上传自己的蛋白组，鉴定全部家族成员并输出成员清单、蛋白和核酸序列；可附加建树、基序、理化性质、染色体定位和基因结构。进入工具 →

36 已有家族成员，直接分析 导入成员，跳过鉴定，按需运行下游分析 上线

上传已确定成员的蛋白 FASTA，保留全部序列及原始 ID，直接运行建树、保守基序、理化性质、定位和基因结构；启动子需基因组与 GFF，共线性需完整蛋白组与 GFF。进入工具 →

37 基因家族扩张与收缩（CAFE5） 时间树、家族计数与分支显著性 上线

上传蛋白组并提供校准依据，可自动建树、定年并运行 CAFE5。也支持上传已有定年树（含 TimeTree）和家族计数表。进入工具 →

38 特异性高表达基因筛选 TPM、Tau、重复一致性与家族排名 上线

结合 TPM 矩阵、组织/条件分组和可选家族成员，按表达量、Tau、目标组倍数及重复一致性筛选，输出候选证据表与家族排名。进入工具 →

39 蛋白–小分子对接（Vina） 受体/配体准备、构象与预测评分 上线

可接入本站结构预测结果或上传受体 PDB/PDBQT；上传小分子 SDF/PDBQT，可自动全蛋白粗筛或手动指定已知口袋，运行 AutoDock Vina 并导出构象、评分和可复现参数。进入工具 →

40 GO 富集分析 基因本体功能富集（超几何 + FDR） 上线

上传基因列表并选择物种，从 Ensembl BioMart 获取 gene→GO 注释，完成超几何富集和 BH-FDR 校正。进入工具 →

41 KEGG 富集分析 代谢与信号通路富集 上线

上传基因列表并选择物种，从 KEGG REST 获取 gene→pathway 注释，计算通路富集结果。进入工具 →

42 单物种共线性与基因复制分析 共线块、串联重复与复制类型 上线

从数据库获取或上传蛋白组和 GFF，一次运行 DIAMOND、MCScanX 与 duplicate_gene_classifier，同时输出共线区块、串联重复基因对及逐基因复制类型。进入工具 →

43 双物种共线性 两个物种间的 MCScanX 共线区块 上线

分别选择两个物种的配套蛋白组和 GFF，通过 DIAMOND 与 MCScanX 识别严格的跨物种共线区块和基因对。进入工具 →

44 Ka/Ks 选择压力 模型平均、Fisher检验与BH-FDR 上线

上传蛋白、CDS 和同源基因对，经蛋白引导密码子比对和 KaKs_Calculator 模型平均计算 Ka、Ks 与 Ka/Ks，并报告显著正选择基因对。进入工具 →

45 启动子提取与顺式作用元件分析 提取、PlantCARE 元件扫描与结果导入 上线

可从预置物种、Ensembl Plants、NCBI Assembly 或上传数据提取自定义长度的 TSS 上游序列，继续用内置 PlantCARE 元件库扫描并按光/激素/胁迫/发育归类；也可导入 PlantCARE 结果并直接进入作图。进入工具 →

46 Pfam 域架构 hmmscan 蛋白结构域组成 上线

上传蛋白 FASTA，使用 hmmscan 扫描 Pfam-A 全库，输出各蛋白的结构域位置和域架构。进入工具 →

47 密码子偏好性 RSCU、ENC、GC 与 GC3 上线

上传 CDS FASTA，计算全局 RSCU 以及每个基因的 ENC、GC 和 GC3 指标。进入工具 →

48 Ks 分布 / WGD 定年 Ks 峰与复制事件年代估算 上线

上传含 Ks 列的 Ka/Ks 结果，生成 Ks 分布和峰值，并按分子钟估算全基因组复制事件年代。进入工具 →

49 SRA → 表达量矩阵 公开测序数据自动下载与 Salmon 定量 上线

填写 SRA/ENA Run 编号并选择参考物种，自动下载测序数据、运行 Salmon，生成基因×样本 TPM 矩阵。进入工具 →

50 差异表达分析（DEG） count 走 DESeq2，TPM 走 Welch t 检验，均 BH-FDR 上线

上传表达或计数矩阵及两组样本信息，计算 log2FC、显著性和 BH-FDR，输出上下调基因与火山图。进入工具 →

51 PCA 降维 主成分分析与样本聚类 上线

上传表达或计数矩阵，完成 log2 转换、标准化与 SVD，输出 PC1-PC2 散点、坐标和方差贡献表。进入工具 →

52 基因密度分布 染色体滑窗基因数量统计 上线

上传 GFF/GTF 注释，沿染色体滑窗统计基因数量，绘制基因富集与稀疏区域分布。进入工具 →

53 Circos 环形基因组图 染色体、基因密度与连接关系 上线

上传 GFF/GTF 和可选连接文件，绘制染色体环、基因密度环及共线性或自定义连接。进入工具 →

54 序列工具箱 统计、反向互补、翻译、ORF 与提取 上线

上传 FASTA，可进行长度/GC/N50 统计、反向互补、翻译、六框翻译、最长 ORF 和按 ID 提取。进入工具 →

55 FASTQ → FASTA 转换 Run 直链、上传文件与大文件转换 上线

支持 SRA/ENA Run 编号、官方直链或本地 FASTQ，流式丢弃质量行并生成 FASTA。进入工具 →

56 多物种同源锚点图 3–4 物种染色体排布与 RBH 连接 上线

上传 3–4 个物种的 GFF 和可选蛋白组，绘制染色体排布及相邻物种 DIAMOND 双向最优命中锚点；该结果不表述为严格 MCScanX 共线区块。进入工具 →

57 直系同源分组（OrthoFinder） 多个物种 Orthogroup 聚类 上线

上传至少两个物种的蛋白组，运行 OrthoFinder，输出跨物种 orthogroup 和成员对应关系。进入工具 →

58 功能注释（eggNOG） GO / KEGG / COG 与功能描述 上线

上传蛋白 FASTA，运行 eggNOG-mapper，输出 GO、KEGG、COG 和功能描述注释。进入工具 →

59 显著正选择检测（PAML） 双重位点模型LRT与BEB位点 上线

上传至少三条同源 CDS 的密码子比对和 Newick 树，运行 codeml M1a/M2a、M7/M8 模型比较，输出校正后的 LRT 与 BEB 正选择位点。进入工具 →

60 共表达网络（WGCNA-lite） 基因相关网络与模块聚类 上线

上传表达矩阵和可选成员列表，计算基因间相关性、阈值边与层次聚类模块，并生成网络图。进入工具 →

61 miRNA 靶点预测 反平行互补与 seed 加权评分 上线

上传 miRNA FASTA 和靶 mRNA/CDS/UTR FASTA，按互补规则评分并输出候选靶点位点。进入工具 →

62 PPI 网络（STRING） 蛋白互作查询与网络图 上线

上传基因或蛋白 ID 列表并选择物种，从 STRING 获取互作关系并生成网络图。进入工具 →

63 AlphaFold 结构获取 预测结构 PDB 与平均 pLDDT 上线

上传 UniProt accession 或基因映射表获取数据库结构；无现成结构时，可在明确同意后将蛋白 FASTA 提交至 ESMFold 公共接口预测。结果可直接进入 docking。进入工具 →

64 qPCR 引物设计 基础引物筛选与产物长度控制 上线

上传 CDS 或靶序列 FASTA，按长度、GC、Tm、GC clamp 和产物区间为每条序列筛选 F/R 引物对。进入工具 →

65 qPCR 实验结果验证 Ct、ΔΔCt、倍数变化与 FDR 上线

上传 qPCR Ct 表并指定参考基因、对照组和处理组；技术重复先取均值，按生物学重复计算 ΔΔCt、2^-ΔΔCt、Welch 检验与 BH-FDR。进入工具 →

66 Manhattan 图 GWAS 位点分布与显著阈值 上线

上传包含 chrom、pos、pvalue 的 GWAS 结果表，绘制 Manhattan 图并标注显著阈值线。进入工具 →

67 格式 / 表格工具 GFF→BED、GFF 排序与 FASTA 规范化 上线

上传对应文件，可将 gene GFF 转为 BED6、按染色体和坐标排序 GFF，或统一 FASTA 大写与换行。进入工具 →